Вечером 1 июля войска Наполеона начали высадку около Александрии и уже на следующий день город был захвачен. Французский флот под руководством адмирала де Брюеса остался около Александрии с распоряжением найти достаточно глубокий для линейных кораблей проход в гавань города, где они были бы в безопасности от возможного нападения англичан. Армия тем временем двинулась на Каир. 21 июля французские войска встретились с собранной предводителями мамелюков Мурад-беем и Ибрагим-беем войском, произошла Битва у пирамид. Благодаря огромному преимуществу в тактике и военной подготовке, французы с незначительными потерями наголову разгромили войска мамелюков. Организованное сопротивление французским войскам в Нижнем Египте было сломлено, Ибрагим-бей и Мурад-бей были вынуждены покинуть Каир и скрываться.
После захвата Каира Наполеон отправил одну дивизию под руководством генерала Даву на завоевание Верхнего Египта, а сам тем временем начал активные и много в чём успешные мероприятия по подчинении себе страны и привлечению симпатий влиятельных слоев местного населения.
Когда Нельсон разбил французский флот при Абукире 1 августа 1798, Египет уже попал под французский протекторат.
Англичане и турки (номинальные правители Египта) не могли вытеснить французов, но и те оказались в ловушке — в изоляции, без связи с Францией, без резервов.
Бонапарт пытался найти взаимопонимание с исламским духовенством, но тем не менее против французов в Каире вспыхнуло восстание. В отчаяньи Наполеон начал поход в Сирию в феврале 1799. Он взял штурмом Яффу, но не смог овладеть Акрой. 20 мая 1799 началось отступление. Наполеон все еще был в состоянии нанести поражение туркам, которые расположились около Абукира (25 июля), но понимал, что оказался в ловушке. Во Франции Директория находилась на грани банкротства и поражения в войне против коалиции Австрии, Турции и России. Получив известия о волнениях в стране и о внешних угрозах, Наполеон 23 августа оставил армию генералу Клеберу и отплыл во Францию. Ему удалось избежать встречи с британским флотом, который крейсеровал в Средиземном море и 9 октября 1799 года Наполеон спокойно высадился в Фрежюсе на юге Франции.
Командовать французским корпусом остался генерал Клебер. Французское правительство оставило экспедиционный корпус на произвол судьбы. Несмотря на это 20 марта 1800 года Клеберу удалось разбить 30 000-ную армию мамлюков, которую поддерживали англичане, в битве при Гелиополисе. После этого он подавил восстание в Каире. 14 июня 1800 года мусульманский фанатик убил Клебера. Командование французским корпусом принял генерал Мену. В августе 1801 года, под ударами объединенных сил британцев и Оттоманской империи, утратив вследствие болезней свыше 13 500 солдат, французы сдались. По условиям капитуляции французских солдат британцы отправили в Европу, причём вместе с бесценным запасом египетских древностей.
Попытка Франции захватить Египет при полном доминировании флота Британии на Средиземном море была обречена. Только благодаря высоким боевым качествам французской армии и офицерского корпуса во главе с Наполеоном экспедиция на протяжении нескольких лет была относительно успешной.
Однако отрезанность от Франции, борьба местного населения, которое воспринимало французов как захватчиков, поставили французский корпус в безвыходное положение. После уничтожения англичанами французского флота в битве при Абукире капитуляция французского корпуса в Египте была лишь вопросом времени.
Тем не менее египетская экспедиция Наполеона привела к росту интереса к древней истории Египта. В результате экспедиции было собрано и вывезено в Европу огромное количество памятников истории. В 1798 году был создан Институт Египта (фр. L'Institut d'Egypte), который положил начало научному изучению древнего Египта. | 
